Во второй половине XIX века на средства Самарского губернского земства было начато строительство больницы, которая носила название Земской. Место ей было отведено на окраине города, и обслуживала она всех страждущих губернии без различия национальности и социального положения. Расширялась больница постепенно, в основном деревянными строениями.
Больница являлась центром обеспечения санитарно- эпидемиологической обстановки в городе. В 1886 году на базе больницы была создана вторая в России (после Одессы) и третья в мире (после Парижа) Пастеровская станция по борьбе с бешенством.
6 (20) октября 1875 года с торжественным молебном и речами отцов города в Самаре состоялось открытие Губернской земской больницы. Первым старшим врачом губернской больницы был А.Ф. Кулеша. В 1890 году в больнице было 5 штатных и 9 сверхштатных ординаторов. С 1914 по 1919 годы многие сотрудники больницы были призваны в армию во время Первой мировой войны, они принимали участие и в Гражданской войне.
Начиная с 1919 года, когда был открыт медицинский факультет при Самарском университете, практически все клинические кафедры располагались на базе больницы, которой было присвоено имя великого русского хирурга Н.И. Пирогова.
В годы Великой Отечественной войны в больницу поступили тысячи раненых, спасение жизни которых стало возможным благодаря самоотверженной работе врачей. В эти годы с большим трудом, но все же проходило техническое оснащение больницы. Многие сотрудники в это время ушли на фронт и, вернувшись, с честью продолжили трудиться в уже мирное время.
С 1957 года стал изменяться облик больницы. Постепенно сносились старые деревянные бараки, а на их месте возводились новые каменные корпуса. В 1957 году был выстроен хирургический корпус на 200 коек, в 1962 году — родильный дом и новый пищеблок. В 1981 году было построено ожоговое отделение.
В начале 70-х годов в больницу пришло много молодых врачей, которые осваивали различные области медицины под руководством своих старших товарищей.
В 1975 году больница им. Н.И. Пирогова отметила 100-летие со дня основания. 17 октября 1975 года вышел Указ Президиума Верховного Совета СССР о награждении центральной больницы имени Н.И. Пирогова города Куйбышева орденом «Знак Почета».
В период с конца 80-х до середины 2000-х в больнице проводились масштабная реорганизация и внедрение новых технологий диагностики и лечения. Были созданы:
— центры по лечению больных с термическими поражениями и гастродуоденальными кровотечениями,
— отделения гемодиализа, эндоскопии, ультразвуковой диагностики.
Получили необходимое оснащение отделения анестезиологии и
реанимации, были модернизированы акушерско-гинекологическая и травматологическая помощь, отделения урологии, гнойной хирургии, нейрохирургии, детской хирургии.
Благодаря Национальному проекту «Здоровье» и Областной целевой программе «Модернизации в здравоохранении Самарской области», был проведен ремонт во многих лечебных подразделениях больницы, было получено новое рентгенологическое, эндоскопическое и ультразвуковое оборудование, полностью переоборудована лаборатория.
Главная ценность больницы — ее коллектив, профессиональные, увлеченные своим делом люди. Здесь работали и работают известные всему городу и за его пределами талантливые и опытные врачи. В разные годы больницу возглавляли прекрасные медики В.Н. Рожанский, Л.Н. Муханов, И.А. Сокурский, С.Ф. Кузьменко и многие другие. Именно в больнице им. Н.И.
Пирогова в свое время начинал трудовую деятельность народный комиссар здравоохранения СССР Н.А. Семашко, а главный врач больницы семидесятых годов прошлого века В.И.Калинин в 1990 году стал министром здравоохранения РСФСР.